Το δένδρο του συστήματος αρχείων στο Linux ξεκινά από το root , που συμβολίζεται με την κάθετο / . Όλοι οι άλλοι κατάλογοι, ασχέτως του εάν βρίσκονται στη ριζική κατάτμηση ή σε οποιαδήποτε άλλη,λέγονται children του root. Καθένας από αυτούς έχει το δικό του ρόλο.
/home : Εδώ στεγάζονται όλοι οι προσωπικοί κατάλογοι (home directories) των χρηστών του Linux. Εξαίρεση αποτελεί ο προσωπικός κατάλογος του υπερχρήστη (root) που βρίσκεται ακριβώς κάτω από το ριζικό κατάλογο.
/bin : Εδώ φιλοξενούνται ορισμένα απαραίτητα εργαλεία για την σωστή λειτουργία του Linux. Για παράδειγμα έχουμε τα cp, mv, rm για την αντιγραφή, τη μετακίνηση, τη διαγραφή αρχείων αντίστοιχα,το κέλυφος εργασίας bash, το εργαλείο gzip για τη συμπίεση και την αποσυμπίεση αρχείων, τα προγράμματα mount και unmount για την προσάρτηση και την απόσπαση άλλων συστημάτων αρχείων, το kill για τον τερματισμό εφαρμογών κ.ά.
/home : Εδώ στεγάζονται όλοι οι προσωπικοί κατάλογοι (home directories) των χρηστών του Linux. Εξαίρεση αποτελεί ο προσωπικός κατάλογος του υπερχρήστη (root) που βρίσκεται ακριβώς κάτω από το ριζικό κατάλογο.
/bin : Εδώ φιλοξενούνται ορισμένα απαραίτητα εργαλεία για την σωστή λειτουργία του Linux. Για παράδειγμα έχουμε τα cp, mv, rm για την αντιγραφή, τη μετακίνηση, τη διαγραφή αρχείων αντίστοιχα,το κέλυφος εργασίας bash, το εργαλείο gzip για τη συμπίεση και την αποσυμπίεση αρχείων, τα προγράμματα mount και unmount για την προσάρτηση και την απόσπαση άλλων συστημάτων αρχείων, το kill για τον τερματισμό εφαρμογών κ.ά.
/boot : Πρόκειται για την κατοικία του πυρήνα (kernel),του διαχειριστή εκκίνησης (boot manager) LILO καθώς και κάποιων άλλων αρχείων, τα οποία έχουν σχέση με τη διαδικασία φόρτωσης του λειτουργικού.
/etc : Στον κατάλογο αυτό συγκεντρώνονται όλα τα αρχεία ρυθμίσεων για διάφορα εργαλεία, διακομιστές και εγκατεστημένες εφαρμογές. Εκεί βρίσκονται τα αρχεία bashrc και profile για τη ρύθμιση διαφόρων παραμέτρων του κελύφους εργασίας bash, το αρχείο fstab με πληροφορίες για τις προσαρτήσεις των κατατμήσεων, το lilo.conf με τις ρυθμίσεις του LILO,o φάκελος Χ11 για τις ρυθμίσεις του παραθυρικού συστήματος Χ, ο httpd με αρχεία παραμετροποίησης του διακομιστή ιστοσελίδων (Web Server) Apache, ο rc.d με τα script διαφόρων υπηρεσιών του συστήματος (system services) κ.ά.
